O Director-Geral (DG) é o garante do regular funcionamento do SIS e o responsável pela manutenção da fidelidade da sua actuação às finalidades e aos objectivos legais.
Além das competências genéricas de titular de um cargo de direcção superior de 1.º grau, nos termos legais, o Director-Geral tem competência, em especial, para:

• Executar as determinações do Primeiro-Ministro e dar cumprimento às orientações do Secretário-Geral do SIRP e às deliberações dos órgãos de fiscalização definidos pela Lei Orgânica do SIRP;
• Assumir, no quadro das orientações emanadas do Secretário-Geral do SIRP, a responsabilidade directa pela normal actividade e pelo regular funcionamento do Serviço;
• Conduzir as actividades do Serviço em ordem a assegurar a efectiva prossecução das suas finalidades institucionais;
• Fornecer ao Secretário-Geral do SIRP lista integral dos processos em curso para submissão, com regularidade bimensal, ao Conselho de Fiscalização do SIRP;
• Propor ao Secretário-Geral do SIRP a nomeação e exoneração do pessoal, com excepção daquele cuja designação competir ao Primeiro-Ministro;
• Exercer o poder disciplinar, dentro dos limites legais;
• Integrar o Conselho Administrativo;
• Elaborar o orçamento do SIS, de acordo com as orientações do Secretário-Geral do SIRP;
• Elaborar o relatório anual do SIS.

O Director-Geral é nomeado e exonerado pelo Primeiro-Ministro, ouvido o Secretário-Geral do SIRP. O Director-Geral é coadjuvado por um Director-Geral Adjunto.

O actual Director-Geral, Juiz Antero Luís, tomou posse a 13 de Outubro de 2005 na Presidência do Conselho de Ministros.